Die wesentliche Eingangsgröße der Wirtschaftlichkeitsberechnung sind Ausgaben (Kosten) für energetische Modernisierungen. Dabei ist zwischen den Vollkosten und den energiebedingten (Mehr)-Kosten einer Maßnahme zu unterscheiden. Bei einer Kopplung der energetischen Modernisierung mit einer ohnehin stattfindenden Instandsetzung ist es sachgerecht, für die Wirtschaftlichkeitsrechnung nur die energiebedingten Mehrkosten (=Vollkosten abzüglich anteiliger Instandsetzungskosten) in Ansatz zu bringen.
Generell sollten bei Wirtschaftlichkeitsberechnungen neben den Investitionskosten auch zukünftige Kosten für Inspektion, Wartung, Instandsetzung und - je nach gewähltem Betrachtungszeitraum - auch Ersatzinvestitionen und Restwerte berücksichtigt werden. Solche Einflüsse können beim Vergleich unterschiedlicher Modernisierungsvarianten ausschlaggebend sein. Allerdings haben in der Praxis bei energetischen Modernisierungsentscheidungen Kosten für Inspektion, Wartung und Instandhaltung regelmäßig nur dann signifikanten Einfluss, wenn sie bei der Modernisierungsvariante wesentlich unterschiedlich zum Ausgangszustand sind (z. B. zusätzlicher Einbau einer Lüftungsanlage zum Zweck der Energieeinsparung). Werden die Wirtschaftlichkeitsberechnungen im Zusammenhang mit einem Befreiungsantrag geführt, so sind dabei eventuell Vorgaben der nach Landesrecht zuständigen Stelle hinsichtlich der Berücksichtigung / Nichtberücksichtigung von Restwerten zu beachten.
Die Kosten einer Modernisierungsmaßnahme müssen also differenziert betrachtet werden:
Die Ermittlung der Kosten erfolgt mit unterschiedlicher Detailtiefe. Zum Planungsbeginn ist eine schnelle, überschlägige Schätzung sinnvoll, die dann am Ende durch eine exakte Kostenberechnung ersetzt wird. Kostenkennwerte für häufige Maßnahmen sind unter dem Menüpunkt Modernisierungsbeispiele zusammengestellt. Als weitere Quellen für Kostenkennwerte können die Fachliteratur (Baukostenindex BKI) bzw. das Einholen von konkreten Angeboten dienen. Investitionskosten können durch Architekten oder Bauingenieure auf der Grundlage konkreter Entwürfe ermittelt werden. Angebote von Baufirmen präzisieren diese Angaben weiter und stellen detaillierte Investitions- und ggf. Folgekosten bereit. Bei der individuellen Kostenermittlung sind Besonderheiten des Gebäudes in Bezug auf die geplante Modernisierung zu berücksichtigen. Dies betrifft z.B. die Berücksichtigung von im Einzelfall besonderen Anschlussdetails von Außenwanddämmung an Fenster, Dach und Gründung. Aber auch durch regionale Baupreisunterschiede und die aktuelle konjunkturelle Lage können erhebliche Abweichungen von den unter dem Menüpunkt Modernisierungsbeispiele dargestellten typischen Kosten auftreten.